แครี มัลลิแกน เกิดที่เวสต์มินสเตอร์ ลอนดอน,[3][4] เป็นลูกสาวของนาโน มัลลิแกน (สกุลเดิม บูธ) และสตีเฟน มัลลิแกน พ่อของเธอมีเชื้อสายไอริช มาจาก ลิเวอร์พูล แม่ของเธอมาจากเมืองลันเดโล (Llandeilo) เวลส์ [1][5][6]  แม่ของเธอเป็นอาจารย์มหาวิทยาลัย พ่อเป็นผูจัดการโรงแรม  ตอนเธออายุสามขวบ ครอบครัวย้ายไปเยอรมัน ตอนที่พ่อของเธอต้องไปทำหน้าที่บริหารโรงแรมที่นั่น ขณะอยู่ที่เยอรมัน แครีและน้องชายเรียนหนังสือที่ International School of Düsseldorf (เมืองดึสเซิลดอร์ฟ) [7] ตอนเธออายุแปดขวบเธอและครอบครัวย้ายกลับอังกฤษ ตอนเป็นวัยรุ่นเธอศึกษาต่อที่ Woldingham School ใน Surrey[8]